La PGRN está organizada en tres líneas de investigación, y la participación de profesores permanentes no se limita a una sola de ellas. Ellos son:

1 - Ambientes Naturales

Evaluar las condiciones ambientales (suelo, agua, atmósfera y biota), principalmente la biodiversidad regional, a través de estudios de la relación con factores abióticos, como pesticidas, residuos industriales, incendios, entre otros.

2 - Productos Naturales

Investigar e identificar fuentes naturales e interpretar cómo pueden ser utilizadas en farmacología, industria alimentaria, industrias de biodiesel, entre otras, sin dañar el medio ambiente.

3 - Materiales y Métodos Aplicados a los Recursos Naturales

Desarrollar metodologías de análisis y materiales avanzados (biomateriales, cerámicas, polímeros, vidrio, entre otros) que permitan diagnosticar y monitorear los recursos naturales.